Toyota überarbeitet zum Modelljahr 2009 das Einstiegsmodell AYGO. Im Sinne des Toyota Optimal Drive Konzept wird der Aygo-Dreizylinder-Benzinmotor mit einem Liter Hubraum und VVT-i Technologie jetzt nur noch 106 Gramm CO2 je Kilometer aus, eine Verbesserung von drei Gramm im Vergleich zum Einführungsjahr 2005. Eine neu entwickelte, zwischen den Gangwechseln arbeitende Schubabschaltung und die Nutzung eines Motoröls mit besonders geringer Viskosität machen dies möglich.
Äußerlich ist die künftige AYGO-Version an einem neuen Frontgrill und einem umgestalteten Stoßfänger zu erkennen. Ebenfalls neu gestaltet wurden die Radvollabdeckungen und die 14-Zoll-Leichtmetallräder. In der fünftürigen Version ist die B-Säule künftig in Schwarz gehalten für eine weiter verfeinerte Silhouette.
Dem Innenraum wurden dem AYGO neue Sitzstoffe und -materialien sowie optional erhältliche schwarzen Alcantara-Sitze mit kontrastierenden Nähten spendiert.
Zur Markteinführung des verfeinerten AYGO (24. Januar 2009) wird außerdem das Sondermodell CoolBlue angeboten. Zum Serienumfang zählen eine manuelle Klimaanlage und die Außenlackierung in Dolphinblaumetallic, in der in Außenfarbe lackierte Seitenschutzleisten und 14-Zoll-Leichtmetallfelgen sowie Instrumentenringe in Wagenfarbe, Bluetooth-Freisprecheinrichtung, ein Audiosystem mit RDS-Radio, CD-Player, sechs Lautsprechern und AUX-in. Verkaufsstart für den neuen Toyota AYGO und den AYGO CoolBlue ist der 24.Januar 2009.